XCMS online tool used for analyzing non-targeted metabolomics data
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最好使用edu的邮箱,否则不好注册。
新建任务
- 查看可之间上传的文件格式
可上传的数据格式
若不满足以下数据格式,可使用ProteoWizard进行转换。Ailgent的数据格式.d
需要进行转换,通常可以将其转换为.mzxml
。否则是无法整个上传,会将文件夹中的所有文件分开上传。转换后数据如下:
转换方法详情见文章MSconvert
上传需要比较的文件
先上传对照组,生物学重复一起上传
上传了数据集1共4个文件,点击next
上传处理组
选择参数
修改项目名,点击submit
查看进展
提交完会直接跳转到改进展页面,也可以在View Results
中看处理结果。过一段时间刷新后,可看到已经处理45%
View分析之后的结果
点击view可以看到这些结果
点击metabolic cloud plot
图中绿色的代表含量显著升高;红色代表显著下降。可以将云图下载为png,jpeg,或者svg矢量图。
table view
点击箭头处的按钮,进入列表模式,看到左右显著变化的物质。
列表信息显示很多参数,fold,up or down, RT and so on.可以点击下载表格,进行进一步分析。
点击表格上的行可以再表格右边显示feature详细信息,包括EIC和MS spectrum,以及最右下角可能物质的展示。
对某些物质进一步分析,用MassHunter工具分析,根据二级质谱推测可能的物质结果。